目前国际公认的获得批准抗病毒药物只有干扰素(α干扰素、聚乙二醇化干扰素等)和核苷类抗病毒药物(拉米夫定、阿德福韦和恩替卡韦等三种)两大类，共计五种药物。这五种药物的合理使用，可以使部分乙肝复制指标获得转阴，起到控制病情发展，减少肝硬化和肝癌发生。
但是这五种抗病毒药并非灵丹妙药，并非无论什么乙肝病人一用就灵，使用这些药物只有在合适的时机、选择合适的治疗对象、掌握正确的使用方法才能获得有限的疗效。
这些疗效医学上称为应答，应答分为完全应答和部分应答两种，完全应答是指：通过抗病毒治疗后，患者转氨酶复常，乙肝病毒DNA、乙肝病毒e抗原、乙肝病毒表面抗原均转阴；部分应答是指：转氨酶正常，乙肝病毒DNA、乙肝病毒e抗原均转阴，但是乙肝病毒表面抗原仍阳性。
如果能够获得完全应答，那就非常可喜了，但是获得完全应答患者极少，只有10％左右的治疗对象可以获得完全应答，大约40％的患者可以获得部分应答。即便是获得应答，还要看这种应答是否能够持久，治疗获得应答后如果停药6～12个月，依然有效才能称为持续应答。
如果治疗获得应答，但是停药后一年半载，转氨酶再次异常，乙肝病毒DNA再次转阳，提示病情复发，需要重新治疗。干扰素及核苷类抗病毒药物虽然是公认的可以使乙肝病毒指标转阴的药物，但是，使用时一定要掌握技巧。笼统而论，这五种药物都是公认的抗病毒药物，但是具体到每种药物，如何对每个个体选择合理治疗则不简单。
例如干扰素使用范围较窄，只适合于转氨酶升高2～5倍正常值上限的乙肝病毒复制指标阳性的慢性乙肝患者，乙肝病毒携带者和肝硬化患者，以及高黄疸患者都不适合使用干扰素；拉米夫定、阿德福韦和恩替卡韦虽然使用范围较广，但是使用疗程相当漫长，不能轻易停药，一旦停药，有可能使病情反弹，甚至于恶化。
这五种药物都有具体的使用指南，干扰素和核苷类抗病毒药物的使用指南见于中华医学会制定的《病毒性肝炎防治方案》和《乙型肝炎防治指南》；拉米夫定的使用见于《拉米夫定临床应用专家共识》。广大医务工作者都应知晓这些药物的使用指南，并严格遵守。
事实上这5种药物的长期疗效非常有限。总体而言，5种药物在HBeAg阳性和HBeAg阴性慢性乙肝的短期疗效接近，使用正确的情况下，可以使70％左右的乙肝患者HBVDNA转阴，但是持续转阴者低于50％，抗病毒药物有可能使30％左右的乙肝病毒e抗原转阴并发生血清转换。而且，这五种药物对治疗应答的预测因素也类似，例如对于非家族性垂直传播者，近期感染者，肝脏炎症处于2度以上者，合并症少者疗效较好。
因此，在选择何种治疗用药时须权衡各种药物的优缺点、应答的持久性和病人对治疗的倾向性。干扰素的优点包括疗程确定，应答较为持久，无耐药性；缺点包括须肠外给药，副作用多。拉米夫定、阿德福韦和恩替卡韦的优点是用药方便，副作用少，能用于失代偿患者，但理想疗程仍难确定，因为在到达治疗终点后停药仍常见复发。拉米夫定随用药时间延长可发生与耐药相关的YMDD基序突变而诱发肝炎活动。
阿德福韦发现耐药较少，恩替卡韦使用前2年，尚无发现变异者，但长期用药的临床数据还在继续积累中。核苷类抗病毒药物扩大了慢乙肝病人的治疗选择，特别是对于失代偿肝硬化患者意义尤其重大。对这些失代偿肝硬化患者应用安全有效的抗病毒治疗可大大提高生存率、稳定肝移植等待期的病情，并且降低移植后乙肝的复发。当前正处于Ⅱ／Ⅲ期临床研究的核苷类药物还有数种(特比夫定、克拉夫定等)，但不可能这些药物都十分理想。所以，如同我们在抗HIV和抗HCV治疗中所获得经验，将来的研究重点可能还是在联合用药方面。
我国自行研发的抗病毒中药制剂，如苦参素制剂已在临床广泛使用，但是其有效性和安全性尚待确定。
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